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これまでの「河川水辺の国勢調査」で確認された魚類の一部を紹介します。表中の種名をクリックすると種の解説がご覧になれます。
| 目科名 | 種名 | ※指定状況 | |
|---|---|---|---|
| 環境省 （2020） |
東京都 （2020本土部） |
||
| ウナギ目ウナギ科 | ニホンウナギ | 絶滅危惧IB類 | 絶滅危惧IB類 |
| ニシン目ニシン科 | サッパ | － | － |
| ニシン目コノシロ科 | コノシロ | － | － |
| ニシン目カタクチイワシ科 | カタクチイワシ | － | － |
| コイ目コイ科 | コイ | － | － |
| コイ目コイ科 | ゲンゴロウブナ | － | － |
| コイ目コイ科 | キンブナ | 絶滅危惧Ⅱ類 | 絶滅危惧IB類 |
| コイ目コイ科 | ギンブナ | － | 情報不足 |
| コイ目コイ科 | タイリクバラタナゴ | － | － |
| コイ目コイ科 | ハクレン | － | － |
| コイ目コイ科 | ワタカ | － | － |
| コイ目コイ科 | ハス | － | － |
| コイ目コイ科 | オイカワ | － | 情報不足 |
| コイ目コイ科 | カワムツ | － | － |
| コイ目コイ科 | ヌマムツ | － | － |
| コイ目コイ科 | アブラハヤ | － | 絶滅危惧Ⅱ類 |
| コイ目コイ科 | マルタ | － | 準絶滅危惧 |
| コイ目コイ科 | ウグイ | － | － |
| コイ目コイ科 | モツゴ | － | － |
| コイ目コイ科 | ムギツク | － | － |
| コイ目コイ科 | タモロコ | － | － |
| コイ目コイ科 | ニゴイ | － | 準絶滅危惧 |
| コイ目ドジョウ科 | ドジョウ | 準絶滅危惧 | 情報不足 |
| コイ目ドジョウ科 | ヒガシシマドジョウ | － | 絶滅危惧Ⅱ類 |
| ナマズ目ギギ科 | ギバチ | 絶滅危惧Ⅱ類 | 絶滅危惧Ⅱ類 |
| サケ目アユ科 | アユ | － | － |
| ボラ目ボラ科 | ボラ | － | － |
| ボラ目ボラ科 | セスジボラ | － | － |
| カダヤシ目カダヤシ科 | カダヤシ | － | － |
| ダツ目メダカ科 | ミナミメダカ | 絶滅危惧Ⅱ類 | 絶滅危惧IA類 |
| スズキ目スズキ科 | スズキ | － | － |
| スズキ目サンフィッシュ科 | ブルーギル | － | － |
| スズキ目サンフィッシュ科 | コクチバス | － | － |
| スズキ目タイ科 | クロダイ | － | － |
| スズキ目ハゼ科 | トビハゼ | 準絶滅危惧 | 絶滅危惧IA類 |
| スズキ目ハゼ科 | マハゼ | － | － |
| スズキ目ハゼ科 | アシシロハゼ | － | 準絶滅危惧 |
| スズキ目ハゼ科 | アベハゼ | － | 準絶滅危惧 |
| スズキ目ハゼ科 | シモフリシマハゼ | － | － |
| スズキ目ハゼ科 | ヌマチチブ | － | 準絶滅危惧 |
| スズキ目ハゼ科 | チチブ | － | 準絶滅危惧 |
| スズキ目ハゼ科 | ヒナハゼ | － | - |
| スズキ目ハゼ科 | ウキゴリ | － | 準絶滅危惧 |
| スズキ目ハゼ科 | ビリンゴ | － | 準絶滅危惧 |
| スズキ目タイワンドジョウ科 | カムルチー | － | － |
※指定状況
環境省（2020）：「環境省レッドリスト2020（絶滅のおそれのある野生生物の種のリスト）」令和2年、環境省
東京都（2020本土部）：「東京都の保護上重要な野生生物種（本土部）2020年版」令和3年、東京都
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