これまでの「河川水辺の国勢調査」で確認された底生動物の一部を紹介します。
表中の種名をクリックすると種の解説がご覧になれます。
| 目科名 | 種名 | ※指定状況 | |
| 環境省 （第4次） |
東京都 （2010区部） |
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| 盤足目ミズゴマツボ科 | ミズゴマツボ | 絶滅危惧Ⅱ類 | 情報不足 |
| 基眼目サカマキガイ科 | サカマキガイ | − | − |
| マルスダレガイ目シジミ科 | ヤマトシジミ | 準絶滅危惧 | 留意種 |
| マルスダレガイ目シジミ科 | マシジミ | 絶滅危惧Ⅱ類 | 絶滅危惧Ⅰ類 |
| 無吻蛭目イシビル科 | シマイシビル | − | − |
| フジツボ目フジツボ科 | シロスジフジツボ | − | − |
| フジツボ目フジツボ科 | アメリカフジツボ | − | − |
| フジツボ目フジツボ科 | ヨーロッパフジツボ | − | − |
| エビ目テナガエビ科 | テナガエビ | − | 留意種 |
| エビ目アメリカザリガニ科 | アメリカザリガニ | − | − |
| エビ目ベンケイガニ科 | クロベンケイガニ | − | 留意種 |
| エビ目モクズガニ科 | モクズガニ | − | 留意種 |
| エビ目モクズガニ科 | イソガニ | − | − |
| トンボ目カワトンボ科 | ハグロトンボ | − | 絶滅危惧Ⅱ類 |
